A produção de vinho na Quinta, foi centrada durante séculos no vinho do Porto mas também em pequenas quantidades de vinho branco e tinto para consumo exclusivo da família. Depois do desastre da filoxera, foi levado a cabo a partir de 1932, um programa de modernização das vinhas e adega tendo em atenção especialmente a produção de vinhos do Douro, tintos e brancos, e Porto Vintage, a partir de castas tradicionais, com os mais modernos métodos de vinificação. Sob a liderança de Miguel Champalimaud, que a partir de 1976 tomou a seu cargo a produção dos vinhos da Quinta do Côtto, assistiu-se ao estabelecimento do conceito de Vinhos de Quinta que, nos últimos 30 anos, tem sido o conceito estruturante da vitivinicultura e enologia Portuguesa. Desde então, gradualmente, fruto da crescente qualidade dos mesmos, os Vinhos de Quinta afirmaram-se e ganharam mercado e reputação em toda a Europa. A evolução referida foi possível, graças à consolidação do conceito de Vinho de Quinta, liderado pela Quinta do Côtto. Hoje, para os apreciadores Europeus de vinho, ser um Vinho de Quinta significa que, para além de ter sido produzido e engarrafado num terroir específico, a Quinta, aquele vinho foi cuidadosamente produzido e seleccionado pelo proprietário da mesma, o que lhe garante a qualidade, personalidade e autenticidade sem as quais nenhum bom vinho é um grande vinho.